謎の機体G-セルフを狙いベルリの前に立ちふさがる好敵手たち ──
ベルリたち救出のため出撃したデレンセンが海賊部隊のメガファウナを急襲。地球周回軌道上での宇宙戦闘を強いられたベルリは、恩師との対決とは気づかずにG-セルフで迎撃してしまう。一方、キャピタル・アーミィはG-セルフとラライヤ・マンディの身柄も要求し、エルフ・ブルックのマスク部隊に続き、ベッカーのウーシァ隊を出撃させる。その背後にはスコード教のタブーを無視するほどの危機――宇宙からの脅威の存在があった。
前回までのあらすじ
R.C.(リギルド・センチュリー)1014年。地球上の全エネルギーをまかなうフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワーを護るキャピタル・ガードのデレンセン大尉は、謎のモビルスーツを発見。その確保に失敗するも、コックピットから落下した少女ラライヤ・マンディを保護する。1週間後、大国アメリアの秘密部隊である宇宙海賊が、謎のモビルスーツを使いキャピタル・タワーに襲来、偶然居合わせたキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、デレンセンたちと協力して謎のモビルスーツ拿捕に成功する。投降したパイロットの名はアイーダ。謎のモビルスーツは「G-セルフ」と呼ばれ、アイーダとベルリ、そしてラライヤだけがなぜか起動できる機体だった。
地球に戻ったベルリは異国の来賓歓迎会警備に駆り出されるが、そこへ海賊部隊がアイーダを奪還すべく襲撃をかけてきた。攻撃に巻き込まれたアイーダを救出したベルリはG-セルフを起動、海賊部隊のカーヒル大尉と対決する。G-セルフのハッチにしがみつくアイーダを守るため、ベルリはカーヒルが搭乗するコックピットを撃ち抜くが、カーヒルはアイーダの恋人であった。悲しみに打ちひしがれるアイーダ。
その後、アメリア大統領の息子クリム・ニックによる襲撃にまぎれ、アイーダはベルリやノレド・ナグ、ラライヤをコックピットに乗せたまま、G-セルフで逃亡、海賊部隊の母艦メガファウナへ帰還してしまう。一方、科学技術を発展させてはいけないというスコード教のタブーを破った軍事組織「キャピタル・アーミィ」は、デレンセンや仮面の男マスクにベルリたちの救出を名目とした出撃を命じる。だが、ノレドとラライヤを人質に取られたベルリはG-セルフでキャピタル・アーミィのモビルスーツ部隊を退ける。海賊部隊は、母国のアメリア軍が宇宙艦隊の弾道飛行試験を行うことから、その囮となるために地球重力圏を脱出、メガファウナも弾道飛行に移行して、宇宙へ上がるのだった。